V zájmu řádné ochrany životního prostředí jsou chráněné mořské oblasti rozděleny do tří různých zón s různým stupněm ochrany, které sice nestanovují absolutní omezení tradičních činností souvisejících s mořem, ale regulují jejich provádění podle různých potřeb ochrany přírody.
Chráněná mořská oblast Capo Carbonara zavedla čtvrtou zónu; zóna D je nová zóna známá jako “experimentální rezervace”, která se skládá z nárazníkového pásma o šířce dvou mil. Záměrem je zajistit maximální ochranu oblastí s největší ekologickou hodnotou, které spadají do ucelených zón rezervace (zóna A), s uplatněním omezení stanovených zákonem. U zón B, C a D je záměrem zajistit postupnou ochranu kombinací ochrany environmentálních hodnot s udržitelným využíváním a užíváním mořského prostředí.
Čtyři typy zón jsou vymezeny zeměpisnými souřadnicemi a zobrazeny na mapě, která je přílohou vyhlášky o zřízení zveřejněné v Úředním věstníku. Hranice zón A jsou navíc označeny bójemi na moři a sloupky na pevnině, žlutě zbarvenými a vybavenými nočním blikajícím světlem.
- Zóna A, celistvá rezervace, zakázaná pro všechny činnosti, které by mohly poškodit nebo narušit mořské prostředí. Zóna A je skutečným srdcem rezervace. V této zóně, vymezené na malých plochách, je obecně povolen pouze vědecký výzkum a povolené servisní činnosti.
- V zóně B, zóně obecné rezervace, je správním orgánem povolena a regulována řada činností, které sice umožňují užívání životního prostředí, ale ovlivňují ho s co nejmenším dopadem.
- V zóně C, částečné rezervaci, jsou povoleny a řídícím orgánem regulovány činnosti, které slouží k užívání a udržitelnému využívání moře s malým dopadem na životní prostředí. Tato zóna představuje nárazníkové pásmo mezi oblastmi s největší přírodovědnou hodnotou a sektory mimo chráněnou mořskou oblast.
- Zóna D, experimentální rezervace, prodlužuje vzdálenost od pobřeží o dvě míle, představuje další nárazníkové pásmo a přidává důležitý ochranný prvek.
