Um einen angemessenen Umweltschutz zu gewährleisten, sind die Meeresschutzgebiete in drei verschiedene Zonen mit unterschiedlichem Schutzgrad unterteilt, die zwar keine absolute Grenze für traditionelle meeresbezogene Aktivitäten darstellen, aber deren Verhalten entsprechend den unterschiedlichen Erhaltungserfordernissen regeln.
Das Meeresschutzgebiet Capo Carbonara hat eine vierte Zone eingeführt: Zone D ist eine neue Zone, die als "Versuchsreserve" bezeichnet wird und aus einem zwei Meilen breiten Pufferstreifen besteht. Damit soll ein maximaler Schutz der ökologisch wertvollsten Gebiete gewährleistet werden, die sich innerhalb der integralen Schutzzonen (Zone A) befinden, wobei die gesetzlich festgelegten Einschränkungen eingehalten werden. In den Zonen B, C und D soll ein schrittweiser Schutz gewährleistet werden, indem die Erhaltung der Umweltwerte mit der nachhaltigen Nutzung und dem Genuss der Meeresumwelt kombiniert wird.
Die vier Arten von Zonen sind durch geografische Koordinaten abgegrenzt und auf der Karte im Anhang des im Amtsblatt veröffentlichten Errichtungserlasses eingezeichnet. Außerdem sind die Grenzen der Zonen A durch Bojen auf See und durch gelbe Pfähle an Land gekennzeichnet, die mit einem Nachtblinklicht ausgestattet sind.
- Zone A, ein integrales Schutzgebiet, in dem alle Aktivitäten verboten sind, die die Meeresumwelt schädigen oder stören könnten. Die Zone A ist das eigentliche Herzstück des Reservats. In dieser Zone, die in kleinen Bereichen ausgewiesen ist, sind im Allgemeinen nur wissenschaftliche Forschung und genehmigte Dienstleistungsaktivitäten erlaubt.
- In der Zone B des allgemeinen Schutzgebiets werden vom Verwaltungsorgan eine Reihe von Aktivitäten zugelassen und geregelt, die zwar den Genuss der Umwelt ermöglichen, sie aber so wenig wie möglich beeinträchtigen.
- In der Zone C, einer Teilreserve, sind Aktivitäten zur Freude und nachhaltigen Nutzung des Meeres mit geringen Umweltauswirkungen erlaubt und werden vom Verwaltungsorgan geregelt. Diese Zone stellt den Pufferstreifen zwischen den Gebieten mit dem größten naturalistischen Wert und den Sektoren außerhalb des Meeresschutzgebietes dar.
- Die Zone D des Versuchsreservats vergrößert den Abstand zur Küste um zwei Meilen, bildet einen zusätzlichen Pufferstreifen und stellt ein wichtiges Schutzelement dar.
