Pour assurer une protection adéquate de l'environnement, les aires marines protégées sont divisées en trois zones distinctes, avec des degrés de protection différents, qui, sans constituer une limite absolue aux activités traditionnelles liées à la mer, réglementent leur conduite en fonction des différents besoins en matière de conservation.
L'aire marine protégée de Capo Carbonara a introduit une quatrième zone : la zone D est une nouvelle zone appelée “Réserve expérimentale”, qui consiste en une bande tampon de deux milles de large. L'objectif est d'assurer une protection maximale des zones de plus grande valeur environnementale situées dans les zones de réserve intégrale (zone A), en appliquant les contraintes prévues par la loi. Pour les zones B, C et D, l'objectif est d'assurer une protection progressive en combinant la conservation des valeurs environnementales avec l'utilisation durable et la jouissance de l'environnement marin.
Les quatre types de zones sont délimités par des coordonnées géographiques et représentés sur la carte annexée au décret d'établissement publié au Journal officiel. En outre, les limites des zones A sont marquées par des bouées en mer et par des poteaux à terre, de couleur jaune, équipés d'un feu à éclats nocturne.
- La zone A, réserve intégrale, est interdite à toute activité susceptible d'endommager ou de perturber le milieu marin. La zone A est le véritable cœur de la réserve. Dans cette zone, identifiée par petits secteurs, seules la recherche scientifique et les activités de service autorisées sont généralement permises.
- Zone B, de réserve générale, une série d'activités sont autorisées et réglementées par l'organisme de gestion, qui, tout en permettant de jouir de l'environnement, l'affectent avec le moins d'impact possible.
- La zone C, réserve partielle, est celle où les activités de jouissance et d'utilisation durable de la mer ayant un faible impact sur l'environnement sont autorisées et réglementées par l'organisme de gestion. Cette zone représente la bande tampon entre les zones de plus grande valeur naturaliste et les secteurs situés en dehors de l'aire marine protégée.
- La zone D, de la réserve expérimentale, prolonge la distance de la côte de deux miles, constitue une bande tampon supplémentaire et ajoute un élément de protection important.
